• 中国中文核心期刊
  • 中国科学引文数据库(CSCD)核心库来源期刊
  • 中国科技论文统计源期刊(CJCR)
  • 第二届国家期刊奖提名奖

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

杜仲HDR基因全长cDNA克隆与序列分析

刘攀峰 杜红岩 乌云塔娜 杜兰英 孙志强

引用本文:
Citation:

杜仲HDR基因全长cDNA克隆与序列分析

  • 基金项目:

    国家公益性行业科研专项(201004029)

  • 中图分类号: S718.4

Cloning and Sequence Analysis of 1-Hydroxy-2-Methyl-2-E-Butenyl-4-Diphosphate Reductase Gene cDNA from Eucommia ulmoides

  • CLC number: S718.4

  • 摘要: 以杜仲叶片cDNA为模板,采用反转录RCR及RACE技术分离出HDR基因的cDNA克隆,命名为EuHDR。EuHDR基因cDNA全长1 653 bp,5’端非编码区长82 bp,3’端非编码区长188 bp,编码460个氨基酸,与喜树HDR基因序列相似性最高,达82%;推导EuHDR氨基酸序列中包含转运肽序列(A1-A33)及植物HDR蛋白多个保守的功能位点(A117,A208,A262,A345);EuHDR蛋白二级结构α-螺旋占35.65%,β-折叠占19.78%,螺环结构占44.57%;EuHDR蛋白三级结构为单体形式,呈不规则的三叶草形状;系统进化分析表明EuHDR蛋白与葡萄HDR蛋白的亲缘关系最为接近。
  • [1]

    Köksal M,Hu R M,Coates R M,et al. Structure and mechanism of the diterpene cyclase ent-copalyl diphosphate synthase[J]. Nat Chem Biol, 2011,7: 431-433
    [2]

    Eric O, Lin F Y. Terpene biosynthesis: modularity rules[J]. Angew Chem,2012,51(5):1124-1137
    [3]

    Karine B, Yannick E, Alain D,et al. Isopentenyl diphosphate isomerase: a checkpoint to isoprenoid biosynthesis[J]. Biochimi,2012,doi:10.1016/j.biochi.2012.03.021:1-14.
    [4]

    Daum M, Herrmann S, Wilkinson B,et al.Genes and enzymesinvolved in bacterial isoprenoid biosynthesis[J]. Curr Opin Chem Biol,2009,13:180-188
    [5]

    Annegret A B, Karnjapan J, Juliusz A W,et al. Biosynthesis of isoprene units:mssobauer spectroscopy of substrate and inhibitor binding to the cluster of the LytB/IspH enzyme[J]. Angew Chem, 2011,50:11976-11979
    [6]

    Sang-Min K,Tomohisa K,Akio K,et al. 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate reductase (IDS)is encoded by multicopy genes in Gymnosperms Ginkgo biloba and Pinus taeda[J]. Planta,2008,227:287-298
    [7]

    Cunningham Jr F X, Lafond T P, Gantt E. Evidence of a role for LytB in the nonmevalonate pathway of isoprenoid biosynthesis[J]. J Bacteriol,2000,182:5841-5848
    [8]

    Guevara-Garcia A,San Roman C,Arroyo A,et al. Characterization of the Arabidopsis clb6 mutant illustrates the importance of posttranscriptional regulation of the methyl-D-erythritol 4-phosphate pathway[J]. Plant Cell,2005,17: 628-643
    [9]

    Hsieh M H, Goodman H M. The Arabidopsis IspH homolog is involved in the plastid nonmevalonate pathway of isoprenoid biosynthesis[J]. Plant Physiol, 2005,138:641-653
    [10] 张 雯,王玉亮,林 娟,等.银杏1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-焦磷酸还原酶基因(hdr)转化银杏的研究[J].复旦学报,2008,47(5):598-602

    [11]

    Botella-Pavía P, óscar B, Phillips M A,et al. Regulation of carotenoid biosynthesis in plants: evidence for a key role of hydroxymethylbutenyl diphosphate reductase in controlling the supply of plastidial isoprenoid precursors[J]. Plant J,2004, 40(2):188-199
    [12] 崔克明.杜仲研究的历史、现状和展望[J].西北林学院学报,1994,9(4):51-57

    [13] 杜红岩.杜仲优质高产栽培[M]. 北京:中国林业出版社, 1996

    [14] 陈 建.几种提取杜仲RNA方法的比较[J].林业科技开发,2007,21(5):19-21

    [15] 周明兵,王红珍,赵德刚.杜仲叶和树皮总RNA的快速提取法[J].山地农业生物学报,2003,22(5):430-431

    [16]

    Jones D T. Protein secondary structure prediction based on position-specific scoring matrices [J]. J Mol Biol, 1999, 292(2):195-202
    [17]

    Emanuelsson O,Nielsen H, von Heijne G. ChloroP, a neural network-based method for predicting chloroplast transit peptides and their cleavage sites[J].Protein Sci,1999,8: 978-984
    [18]

    Arnold K,Bordoli L, Kopp J,et al. The SWISS-MODEL workspace: a web-based environment for protein structure homology modelling[J]. Bioinformatics, 2006,22:195-201
    [19]

    Tamura K,Peterson D,Peterson N,et al. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood,evolutionary distance,and maximum parsimony methods[J]. Mol Biol Evol,2011,28: 2731-2739
    [20] 高文运.同位素标记及未标记的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸和2-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸的合成方法[J].有机化学,2010,30 (1):23-37

    [21] 金 蓉,朱长青,徐昌杰.1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶(DXS)及其编码基因[J].细胞生物学杂志,2007,29:706-712

    [22] 郑洲翔,范燕萍,周纪刚,等. 植物萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原酶研究进展[J]. 安徽农业科学, 2011,39(10):5695-5696

    [23]

    Tobias G, Ingrid S, Wolfgang E,et al. Probing the reaction mechanism of IspH protein by X-ray structure analysis[J].PNAS,2010,107(3):1077-1081
  • [1] 刘攀峰杜红岩乌云塔娜黄海燕朱高浦 . 杜仲1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶基因cDNA全长克隆与序列分析. 林业科学研究, 2012, 25(2): 195-200.
    [2] 冉昕赵德刚 . 杜仲EuREF1基因表达水平与橡胶积累的关系. 林业科学研究, 2020, 33(4): 35-41. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2020.04.005
    [3] 陈鸿鹏朱凤云吴志华谢耀坚 . 赤桉GAPDH家族基因的克隆及其序列分析. 林业科学研究, 2014, 27(1): 120-127.
    [4] 崔丽莉杨汉奇杨宇明 . 版纳龙竹CONSTANS同源基因的克隆与序列分析. 林业科学研究, 2010, 23(1): 1-5.
    [5] 吴敏杜红岩乌云塔娜刘攀峰荆腾 . 杜仲基因组微卫星特征及SSR标记开发. 林业科学研究, 2015, 28(3): 387-393.
    [6] 李芳东乌云塔娜杜红岩 . 杜仲高产胶无性系遗传参数估计与改良效果分析. 林业科学研究, 2007, 20(4): 458-463.
    [7] 吴敏赵阳马志刚刘攀峰杜红岩孙志强 . 果园化栽培模式杜仲雄花、果实和叶片产量的调查分析. 林业科学研究, 2014, 27(2): 270-276.
    [8] . 中国水仙ZDS基因的克隆及表达分析. 林业科学研究, 2009, 22(1): -.
    [9] 肖政李纪元范正琪殷恒福 . 荔波连蕊茶肌动蛋白基因全长cDNA的克隆及其表达分析. 林业科学研究, 2014, 27(3): 374-380.
    [10] 黄国文管天球赵雨云陈莫林刘宏辉 . 油茶转录因子基因CoSOC1-like的克隆和表达分析. 林业科学研究, 2022, 35(2): 129-139. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2022.02.015
    [11] 孙迎坤李纪元殷恒福范正琪周兴文 . 重瓣山茶花器官发育相关基因CjAPL1的全长克隆与表达分析. 林业科学研究, 2013, 26(4): 473-479.
    [12] 宋月芹白小军陈庆霄吕琪卉孙会忠 . 红脊长蝽感觉神经元膜蛋白基因克隆及组织表达谱分析. 林业科学研究, 2021, 34(5): 135-141. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2021.005.016
    [13] 周兴文李纪元范正琪 . 金花茶查尔酮异构酶基因全长克隆与表达的初步研究. 林业科学研究, 2012, 25(1): 93-99.
    [14] 孙涛王雪庆赵遵岭于淑慧陈晓鸣刘魏魏亓倩杨璞 . 白蜡虫热激蛋白序列分析. 林业科学研究, 2016, 29(5): 778-783.
    [15] 翟立峰张美鑫赵行邓佳成 . 重庆樟树溃疡病病原菌的鉴定及序列分析. 林业科学研究, 2019, 32(3): 18-25. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2019.03.003
    [16] 杜兰英杜红岩乌云塔娜杨绍彬谢碧霞 . 杜仲树皮含胶特性的个体变异规律. 林业科学研究, 2005, 18(2): 169-172.
    [17] 杜红岩杜兰英李芳东谢碧霞 . 杜仲果实含胶特性的个体变异规律. 林业科学研究, 2004, 17(6): 706-710.
    [18] 杜庆鑫庆军刘攀峰王璐杜兰英何凤杜红岩 . 杜仲种质资源果实性状变异及综合评价. 林业科学研究, 2021, 34(5): 13-23. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2021.005.002
    [19] 杜红岩赵戈卢绪奎 . 论我国杜仲产业化与培育技术的发展. 林业科学研究, 2000, 13(5): 554-561.
    [20] 杜红岩李钦赫锦锦刘昌勇刘攀峰 . 不同变异类型杜仲皮中几种主要活性成分含量的比较. 林业科学研究, 2011, 24(2): 230-233.
  • 加载中
计量
  • 文章访问数:  3329
  • HTML全文浏览量:  186
  • PDF下载量:  1147
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2012-08-28

杜仲HDR基因全长cDNA克隆与序列分析

  • 1. 中国林业科学研究院经济林研究开发中心, 河南 郑州 450003
  • 2. 国家林业局经济林育种与栽培重点实验室, 湖南 长沙 410004
基金项目:  国家公益性行业科研专项(201004029)

摘要: 以杜仲叶片cDNA为模板,采用反转录RCR及RACE技术分离出HDR基因的cDNA克隆,命名为EuHDR。EuHDR基因cDNA全长1 653 bp,5’端非编码区长82 bp,3’端非编码区长188 bp,编码460个氨基酸,与喜树HDR基因序列相似性最高,达82%;推导EuHDR氨基酸序列中包含转运肽序列(A1-A33)及植物HDR蛋白多个保守的功能位点(A117,A208,A262,A345);EuHDR蛋白二级结构α-螺旋占35.65%,β-折叠占19.78%,螺环结构占44.57%;EuHDR蛋白三级结构为单体形式,呈不规则的三叶草形状;系统进化分析表明EuHDR蛋白与葡萄HDR蛋白的亲缘关系最为接近。

English Abstract

参考文献 (23)

目录

    /

    返回文章
    返回