云南红豆杉简并锚定微卫星-PCR反应体系优化研究

缪迎春; 苏建荣; 张志钧

云南红豆杉简并锚定微卫星-PCR反应体系优化研究

1.
中国林业科学研究院资源昆虫研究所, 云南昆明 650224
基金项目:
科技部科研院所公益研究专项项目“濒危植物云南红豆杉的资源及保护技术研究”( 2004D IB3J104)和国家科技支撑项目“特种工业原料林培育技术”(2006BAD18B03)的部分研究内容

Optim iza tion for SSR-anchored PCR Reaction Systemin Endangered Plant Taxus yunnanensis

1.
Research Institute of Resource Insects, CAF, Kunming　650224, Yunnan, China

摘要: 采用交互正交设计L64 (421 )对濒危植物云南红豆杉简并锚定微卫星-PCR反应体系分别进行了5因素( Taq酶;Mg2+ ; dNTP;DNA及引物) 4水平的优化筛选, SAS软件统计分析表明: 3个单因素( Taq酶;Mg2+ ; dNTP)和2个交互作用(Taq ×Mg2+ ,Mg2+ ×dNTP)对此反应体系有显著影响作用。云南红豆杉简并锚定微卫星- PCR反应的优化体系是:在20μL反应体系中含有1 ×PCR buffer, Taq酶4 U,Mg2+ ( 2. 0 mmol·L-1 ) , dNTP ( 0. 4 mmol·L-1 ) ,DNA 75 ng,引物(1. 0μmol·L-1 ) ,退火温度(54 ℃) 。交互正交设计既能快捷有效地筛选出最佳PCR反应体系,又能揭示试验因素及其交互作用对扩增的影响程度,分析结果更客观、准确,具有一定的应用价值。
- 云南红豆杉
- / 简并锚定微卫星-PCR
- / 反应体系
- / 交互正交设计
Abstract: The interaction among different factorswas usually ignored during experimental design with orthogonal design which waswidely used in op timizing for PCR reaction system. Orthogonal design L64 (421 ) involving interactionwas used to op timize simp le sequence repeated-anchored PCR by degenerate p rimer ( SSRanchored PCR) amp lification system on T. yunnanensis in five factors: Taq DNA polymerase, Mg2+ , dNTP,DNA and p rimer at four levels.The analytic results by software SAS showed that: ①Three factors (Taq DNA polymerase, Mg2+ , dNTP) and the twointeractions ( Taq ×Mg2+ , Mg2+ ×dNTP) had notable effect on the SSR2anchored PCR amp lification system; ②Anop timal SSR-anchored PCR reaction system was established containing 1 ×PCR buffer, 4 U Taq DNA polymerase,2. 0 mmol·L-1Mg2+ , 0. 4 mmol·L-1 dNTP, 75 ngDNA, 1. 0μmol·L-1 p rimer in a total volume of 20μL reac2tion system. Moreover the op timal annealing temperature (54 ℃) was p roposed by gradient PCR. Orthogonal designinvolving interaction is of special app lication value as it can not only screen out the best PCR reaction system quicklyand effectively, but also reveal the extent to which the testing factors and their interaction can affect the PCR amp lification, and thusmake the analytic resultmore objective and accurate. While, further research of the judgmentalstandard to the electrophoretogram of PCR amp lification p roducts is still needed to imp rove both the facility of themethod and the reliability of experimental data.
- Taxus yunnanensis
- / SSR-anchored PCR
- / Reaction system
- / Orthogonal design involving interaction

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