美洲黑杨PdZFR基因的克隆和分析

王大海; 苏晓华; 张冰玉; 黄秦军; 张香华

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美洲黑杨PdZFR基因的克隆和分析

王大海 , 苏晓华 , 张冰玉 , 黄秦军 , 张香华

文章导航 > 林业科学研究 > 2010 > 23(5): 637-643

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美洲黑杨PdZFR基因的克隆和分析

1.
中国林业科学研究院林业研究所,国家林业局林木培育重点实验室,北京 100091
基金项目:
引进国际先进林业科学技术"948"创新重大项目"杨树RNAi载体构建、材性相关基因克隆及功能研究"(2006-4-C01)和国家973项目"速生优质杨树的聚合育种与分子改良"(No.2009CB119107)
中图分类号: S792.11

Cloning and Analyzing of Gene PdZFR from Populus deltoides

1.
Research Institute of Forestry, Chinese Academy of Forestry, Key Laboratory of Tree Breeding and Cultivation, State Forestry Administration, Beijing 100091, China
CLC number: S792.11

摘要: 根据美洲黑杨PdZFR部分cDNA序列,采用拟基因组文库步行法和RACE克隆了该基因全长cDNA及基因组DNA, 并对该基因的启动子、转录起始位点、内含子分布、剪切方式、编码的氨基酸序列和该基因在染色体上的分布位置进行了分析。组织或器官特异表达分析表明:该基因与植物发育相关。
- PdZFR
- / 美洲黑杨
- / RACE
- / VGL-Walking
- / TATA Box
- / CAAT Box
Abstract: The full length cDNA and genomic DNA of PdZFR were cloned from Populus deltoides by RACE and Visual Genome Library Walking methods respectively, according to its partial cDNA sequence. Meanwhile, the gene promoter, transcription initiation, intron and exon distribution, spice pattern, the amino acid sequence encoded and the location of this gene on chromosome were analyzed. The tissue or organ-specific expression analysis showed that this gene was related to plant development.
- PdZFR
- / Populus deltoides
- / RACE
- / VGL-Walking
- / TATA Box
- / CAAT Box

[1]	Peter K, Klaus FX M, Christian S H. Evaluation and classification of RING-finger domains encoded by the Arabidopsis genome[J].Genome Biology, 2002, 3(4):12-21
[2]	Freemont P S .The RING fi nger: a novel protein sequencemotif related to the zinc finger [J]. Ann N Y Acad Sci,1993,68:4174–4192
[3]	Jackson P K, Eldridge A G, Freed E,et al. The lore of the RINGs: substrate recognitionand catalysis by ubiquitin ligases [J]. Trends Cell Biol,2000, 10:429-439
[4]	Freemont P S.Ubiquitination: RING for destruction[J].Curr Biol,2000,10:R84-R87
[5]	Lorick KL, Jensen JP, Fang S. RING fingers mediate ubiquitin-conjugating enzyme (E2)-dependent ubiquitination [J].Proc Natl Acad Sci USA,1999,96:11364-11369
[6]	Dong C H, Agarwal M, Zhang Y Y,et al. The negative regulator of plant cold responses, HOS1,is a RING E3 ligase that mediates the ubiquitinationand degradation of ICE1 [J]. Pans,2006, 103(21): 8281-8286
[7]	Yang X, Sun C, Hu Y,et al. Molecular cloning and characterization of a gene encoding RING zinc finger ankyrin protein from drought-tolerant Artemisia desertorum[J] J Biosci, 2008, 33:103–112
[8]	Schramm G, Bruchhaus I, Roeder T. A simple and reliable 5’-RACE approach[J].Nucleic Acids Res, 2000, 28: e96
[9]	Carl W D, Gabriela S. Dveksler PCR Primer: A Laboratory Mannual[M].New york:Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2003, 359-389
[10]	Bertling W M, Beier F, Reichenberger E. Determination of 5’ ends of specific mRNAs by DNA ligase-dependent amplification [J]. PCR Methods Appl,1993, 3:95-99
[11]	Fromont R M, Bertrand E, Pictet R. A highly sensitive method for mapping the 5’ termini of mRNAs,[J]. Nucleic Acids Res, 1993, 21: 1683-1684
[12]	Liu X, Gorovsky M A. Mapping the 5’ and 3’ ends of tetrahymena-thermophila mRNAs using RNA ligase mediated amplification of cDNA ends (RLM-RACE)[J].Nucleic Acids Res, 1993, 21:4954-4960
[13]	Sallie R. Characterization of the extreme 5’ ends of RNA molecules by RNA ligation-PCR[J]. PCR methods Appl,1993, 3:54-56
[14]	刘博 ,苏乔,汤敏谦,等.应用于染色体步移的PCR扩增技术的研究进展 [J].遗传,2006,28 (5):587-595
[15]	Peng H, Begg G E, Schultz D C.Reconstitution of the KRAB-KAP-1 repressorcomplex: a model system for defining the molecularanatomy of RING-B box-coiled-coil domain-mediatedprotein-protein interactions [J]. J Mol Biol,2000, 295:1139-1162
[16]	Kentsis A, Dwyer E C, Perez J M, et al. The RING domains of the promyelocytic leukemiaprotein PML and the arenaviral protein Z repress translationby directly inhibiting translation initiation factor eIF4E [J].J Mol Biol,2001, 312:609-623
[17]	Borden K L. RING domains: master builders of molecular scaffolds [J]. J Mol Biol, 2000, 295:1103-1112

[1]	杨璞 , 陈晓鸣 , 朱家颖 , 丁伟峰 , 刘魏魏 . 白蜡虫β1-微管蛋白基因cDNA克隆及序列分析. 林业科学研究, 2011, 24(4): 423-427.
[2]	陈存 , 丁昌俊 , 黄秦军 , 李政宏 , 张静 , 刘宁 , 李波 , 苏晓华 . 美洲黑杨表型核心种质库构建. 林业科学研究, 2021, 34(2): 1-11. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2021.02.001
[3]	陈鸿鵰 , 刘志成 , 潘成良 . 美洲黑杨“CV”和欧美杨“CV”杂交F1选种潜力的研究. 林业科学研究, 1991, 4(2): 201-206.
[4]	周祥明 , 张冰玉 , 苏晓华 , 王大海 , 黄秦军 , 张香华 , 张志毅 . 美洲黑杨雄性花芽全长cDNA文库构建. 林业科学研究, 2007, 20(4): 469-472.
[5]	姜笑梅 , 张立非 , 张绮纹 , 陈一山 , 于中奎 , 谢荷峰 . 36个美洲黑杨无性系基本材性遗传变异的研究*. 林业科学研究, 1994, 7(3): 253-258.
[6]	黄秦军 , 苏晓华 . 美洲黑杨×青杨F2代基本材性性状遗传变异研究. 林业科学研究, 2003, 16(2): 141-145.
[7]	高暝 , 丁昌俊 , 苏晓华 , 黄秦军 . 美洲黑杨及其杂种F1无性系光合特性的研究. 林业科学研究, 2014, 27(6): 721-728.
[8]	李明亮 , 韩一凡 , 李玲 , 田颖川 , 李凝 , 王世绩 . ACC氧化酶cDNA克隆及其对美洲黑杨体内乙烯产生的反义抑制. 林业科学研究, 1999, 12(3): 223-228.
[9]	李金花 , 张绮纹 , 苏晓华 , 高建设 , 卢宝明 . 美洲黑杨与不同种源青杨杂种苗叶片和生长性状多水平变异研究. 林业科学研究, 2002, 15(1): 66-75.
[10]	李金花 , 姜英淑 , 宋红竹 , 王春城 , 张绮纹 . 美洲黑杨与不同种源青杨杂种子代无性系遗传变异和初步选择研究. 林业科学研究, 2004, 17(3): 368-373.
[11]	. 南方型和北方型美洲黑杨幼苗光合作用的日季节变化. 林业科学研究, 2010, 23(2): 227-233.
[12]	贾会霞 , 胡建军 , 卢孟柱 . 基于CE-AFLP的5个美洲黑杨新品种指纹图谱分析. 林业科学研究, 2013, 26(3): 281-286.
[13]	赵汉章 , 权婉华 , 张林芳 , 朱海格 . 美洲黑杨7个新无性系在江苏的选育. 林业科学研究, 1993, 6(1): 12-18.
[14]	吴立栓 , 胡建军 , 苏雪辉 , 李喜林 , 赵自成 . 黑杨树冠雌花分布与少絮无性系的选择. 林业科学研究, 2014, 27(6): 769-775.
[15]	胡建军 , 赵自成 , 苗世龙 , 高瑞桐 , 藤本吉幸 , 韩一凡 . 杨树人工接虫方法的研究. 林业科学研究, 1998, 11(6): 574-580.
[16]	李金花 , 苏晓华 , 张绮纹 , Louis Zsuffa . 用RAPD标记检测与杨树生长和物候期有关的QTLs. 林业科学研究, 1999, 12(2): 111-117.
[17]	刘奉觉 , Edwards W.R.N. , 郑世锴 , 巨关升 , 王广举 , 卢永农 . 杨树树干液流时空动态研究*. 林业科学研究, 1993, 6(4): 368-372.
[18]	洪明生 , 郑世锴 , 李玉科 , 陈宝璋 , 谢炳荣 . 福州地区半常绿及落叶杨树无性系引种试验. 林业科学研究, 1998, 11(4): 447-450.
[19]	苏晓华 , 张绮纹 , 徐红 , 张祝山 , 邢亚杰 . 美洲黑杨×甜杨亲子无性系遗传参数估算. 林业科学研究, 1996, 9(1): 32-36.
[20]	徐红 , 张崎纹 , 陈一山 , 解荷峰 . 基因库中21个美洲黑杨无性系的抗寒性*. 林业科学研究, 1994, 7(2): 234-237.