• 中国中文核心期刊
  • 中国科学引文数据库(CSCD)核心库来源期刊
  • 中国科技论文统计源期刊(CJCR)
  • 第二届国家期刊奖提名奖

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

欧洲黑杨PnEXPA1基因多态性与稳定碳同位素比率的关联分析

张伟溪 褚延广 黄秦军 张冰玉 丁昌俊 苏晓华

引用本文:
Citation:

欧洲黑杨PnEXPA1基因多态性与稳定碳同位素比率的关联分析

  • 基金项目:

    国家自然科学基金项目(31000310);国家“十一五”科技支撑项目(2006BAD01A15)

  • 中图分类号: S792.119

Association Analysis of Polymorphisms in PnEXPA1 Gene with Carbon Isotope Ratios in Black Poplar (Populus nigra L.)

  • CLC number: S792.119

  • 摘要: 对欧洲黑杨α-expansin基因 PnEXPA1 的SNP多态性与水分利用效率相关性状稳定碳同位素比率(δ13C)进行了关联分析。利用SNaPshot技术对 PnEXPA1 基因内11个SNP位点进行了基因型分型,发现各SNP位点优势基因型均为纯合,且其频率高于杂合基因型。关联分析显示:SNP8和SNP12在采用单因素方差分析(ANOVA)和一般线性模型(GLM)2种方法时均与δ13C值显著关联。SNP8为exon 1内的无义突变,可解释6.620%的表型变异;而SNP12位于intron 1中,遗传贡献率为6.613%;这2个SNP位点与SNP9、SNP13共同位于一个高连锁不平衡(LD)的单倍型块中。SNP8与SNP12的TT基因型无性系均具有较高的δ13C值,为优势基因型。
  • [1] 丁明明, 苏晓华, 黄秦军. 碳稳定同位素技术在林木遗传改良中的应用[J]. 世界林业研究, 2005, 18(5): 21-26

    [2]

    Thumma B R, Nolan M F, Evans R, et al. Polymorphisms in cinnamoyl CoA reductase (CCR) are associated with variation in microfibril angle in Eucalyptus spp[J]. Genetics, 2005, 171(3): 1257-1265
    [3]

    Cosgrove D J. Loosening of plant cell walls by expansins[J]. Nature, 2000, 407(6802): 321-326
    [4]

    Cosgrove D J. Expansive growth of plant cell walls[J]. Plant Physiol Biochem, 2000, 38(1-2): 109-142
    [5]

    Sampedro J, Cosgrove D J. The expansin superfamily[J]. Genome Biol, 2005, 6(12): 242
    [6] 高 英, 陈乃芝, 熊艳梅, 等. 扩张蛋白在旱稻的免疫组化定位及对旱稻抗旱性的表达分析[J]. 自然科学进展, 2006, 16(4): 475-479

    [7]

    Abuqamar S, Ajeb S, Sham A, et al. A mutation in the expansin-like A2 gene enhances resistance to necrotrophic fungi and hypersensitivity to abiotic stress in Arabidopsis thaliana[J]. Mol Plant Pathol, 2013, 14(8): 813-827
    [8]

    Lü P, Kang M, Jiang X, et al. RhEXPA4, a rose expansin gene, modulates leaf growth and confers drought and salt tolerance to Arabidopsis[J]. Planta, 2013, 237(6): 1547-1559
    [9]

    Li F, Xing S, Guo Q, et al. Drought tolerance through over-expression of the expansin gene TaEXPB23 in transgenic tobacco[J]. J Plant Physiol, 2011, 168(9): 960-966
    [10]

    Han Y Y, Li A X, Li F, et al. Characterization of a wheat (Triticum aestivum L.) expansin gene, TaEXPB23, involved in the abiotic stress response and phytohormone regulation[J]. Plant Physiol Biochem, 2012, 54: 49-58
    [11]

    Guo W, Zhao J, Li X, et al. A soybean β-expansin gene GmEXPB 2 intrinsically involved in root system architecture responses to abiotic stresses[J]. Plant J, 2011, 66(3): 541-552
    [12]

    Geilfus C M, Zörb C, Mühling K H. Salt stress differentially affects growth-mediating β-expansins in resistant and sensitive maize (Zea mays L.) [J]. Plant Physiol Biochem, 2010, 48(12): 993-998
    [13]

    Gray-Mitsumune M, Mellerowicz E J, Abe H, et al. Expansins abundant in secondary xylem belong to subgroup A of the alpha-expansin gene family[J]. Plant Physiol, 2004, 135(3): 1552-1564
    [14] 高 燕. 杉木木材形成过程扩展蛋白基因的克隆与表达分析[J]. 林业科学, 2011, 47(11): 44-51

    [15] 欧阳昆唏, 李俊成, 黄 浩, 等. 团花树α扩展蛋白基因的克隆及表达分析[J]. 林业科学, 2013, 49(9): 62-71

    [16]

    An C, Saha S, Jenkins J N, et al. Transcriptome profiling, sequence characterization, and SNP-based chromosomal assignment of the EXPANSIN genes in cotton[J]. Mol Genet Genomics, 2007, 278(5): 539-553
    [17]

    Chu Y, Su X, Huang Q, et al. Patterns of DNA sequence variation at candidate gene loci in black poplar (Populus nigra L.) as revealed by single nucleotide polymorphisms[J]. Genetica, 2009, 137(2): 141-150
    [18] 丁明明, 苏晓华, 黄秦军. 欧洲黑杨基因资源稳定碳同位素组成特征[J]. 林业科学研究, 2006, 19(3): 272-276

    [19]

    Searle S R. Linear models for unbalanced data[M]. Newyork: John Wiley & Sons, 1987
    [20]

    Bradbury P J, Zhang Z, Kroon D E, et al. TASSEL: Software for association mapping of complex traits in diverse samples[J]. Bioinformatics, 2007, 23(19): 2633-2635
    [21]

    Hill W G, Robertson A. Linkage disequilibrium in finite populations[J]. Theor Appl Genet, 1968, 38(6): 226-231
    [22]

    Martin B, Thorstenson Y R. Stable carbon isotope composition (delta C), water use efficiency, and biomass productivity of Lycopersicon esculentum, Lycopersicon pennellii, and the F1 Hybrid[J]. Plant Physiol, 1988, 88(1): 213-217
    [23]

    Tuskan G A, Difazio S, Jansson S, et al. The genome of black cottonwood[J]. Populus trichocarpa (Torr. & Gray). Science, 2006, 313(5793): 1596-1604
    [24]

    Lo H S, Wang Z, Hu Y, et al. Allelic variation in gene expression is common in the human genome[J]. Genome Res, 2003, 13(8):1855-1862
    [25]

    Wittkopp P J, Haerum B K, Clark A G. Evolutionary changes in cis and trans gene regulation[J]. Nature, 2004, 430(6995):85-88
    [26]

    Ingvarsson P K, Street N R. Association genetics of complex traits in plants[J]. New Phytol, 2011, 189(4): 909-922
    [27]

    González-Martínez S C, Huber D, Ersoz E, et al. Association genetics in Pinus taeda L. II. Carbon isotope discrimination[J]. Heredity, 2008, 101(1): 19-26
  • [1] 易敏张守攻谢允慧孙晓梅 . 日本落叶松纤维素合酶基因片段的克隆及单核苷酸多态性分析. 林业科学研究, 2015, 28(3): 303-310.
    [2] 易敏张守攻谢允慧孙晓梅 . 日本落叶松咖啡酸-O-甲基转移酶基因 LkCOMT的克隆及单核苷酸多态性分析. 林业科学研究, 2013, 26(S1): 52-59.
    [3] 丁明明苏晓华黄秦军 . 欧洲黑杨基因资源稳定碳同位素组成特征. 林业科学研究, 2006, 19(3): 272-276.
    [4] 张香华苏晓华黄秦军张冰玉 . 欧洲黑杨育种基因资源SSR多态性比较研究. 林业科学研究, 2006, 19(4): 477-483.
    [5] 胡建军刘庆一王克胜张宝恩田颖川韩一凡 . 欧洲黑杨转Bt毒蛋白基因植株大田抗虫性测定. 林业科学研究, 1999, 12(2): 202-205.
    [6] 郑书星张建国何彩云保尔江段爱国曾艳飞赛力克 . 新疆额尔齐斯河流域苦杨与欧洲黑杨遗传多样性分析. 林业科学研究, 2014, 27(3): 295-301.
    [7] 胡建军李淑梅卢孟柱李继祥李开花孙雪芹赵自玉 . 转B t基因欧洲黑杨抗虫稳定性及其对天敌昆虫的影响. 林业科学研究, 2007, 20(5): 656-659.
    [8] 刘希华丁昌俊张伟溪李文文黄秦军苏晓华 . 不同基因型欧洲黑杨幼苗氮素利用效率差异及其机理初探. 林业科学研究, 2010, 23(3): 368-374.
    [9] 刘海涛周静张川红冯锦霞郑勇奇 . 抗虫转基因欧洲黑杨多重PCR技术检测体系构建. 林业科学研究, 2011, 24(3): 334-339.
    [10] 江锡兵章平生张东北吴仁超吴剑吴聪连赖俊声龚榜初 . 栗杂交F1代群体遗传结构及其农艺性状关联分析. 林业科学研究, 2022, 35(4): 72-83. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2022.004.008
    [11] 雷淑芸张发起Khan Gulzar王久利刘海瑞陈世龙 . 利用高通量测序分析青藏高原地区青杨的SSR和SNP特征. 林业科学研究, 2015, 28(1): 37-43.
    [12] 刘丽颖贾志清朱雅娟李虹杨德福魏登贤赵雪彬 . 青海共和盆地不同林龄乌柳林的水分利用策略. 林业科学研究, 2012, 25(5): 597-603.
    [13] 李云飞李世明金鑫程书王松波侯军亮刘家劲段肖霞马宏马永鹏张耕耘 . 基于RAD高通量测序探讨中国85种杜鹃花属植物的分类. 林业科学研究, 2019, 32(3): 1-8. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2019.03.001
    [14] 王长海张晓艳李金花 . 小叶杨与欧洲黑杨杂交子代苗期叶形变异分析. 林业科学研究, 2020, 33(3): 132-138. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2020.03.017
    [15] 周亚楠李爱陈成彬王春国宋文芹 . 日本落叶松杂种及亲本 4CL基因的克隆和SNP多态性分析. 林业科学研究, 2013, 26(S1): 18-24.
    [16] 王大海苏晓华张冰玉黄秦军张香华 . 美洲黑杨PdZFR基因的克隆和分析. 林业科学研究, 2010, 23(5): 637-643.
    [17] 解荷锋于中奎陈一山张绮纹徐红 . 黑杨派基因库内无性系生长特性的遗传分析*. 林业科学研究, 1995, 8(2): 226-229.
    [18] 陈成彬王彬胡宝全王春国宋文芹 . 黑杨DNA甲基转移酶基因片段的分离及表达分析. 林业科学研究, 2013, 26(S1): 87-95.
    [19] 胡宝全韦韬王春国宋文芹陈成彬 . 黑杨三倍体 PtSIP3基因的克隆与功能分析. 林业科学研究, 2013, 26(S1): 39-44.
    [20] 冯童禹乔桂荣蒋晶邱文敏韩小娇卓仁英刘明英 . 超积累型东南景天Sa12F279基因的抗逆表达响应及功能关联分析. 林业科学研究, 2020, 33(3): 12-21. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2020.03.002
  • 加载中
计量
  • 文章访问数:  2802
  • HTML全文浏览量:  223
  • PDF下载量:  1229
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2013-11-14

欧洲黑杨PnEXPA1基因多态性与稳定碳同位素比率的关联分析

  • 1. 林木遗传育种国家重点实验室, 中国林业科学研究院林业研究所, 国家林业局林木培育重点实验室, 北京 100091
基金项目:  国家自然科学基金项目(31000310);国家“十一五”科技支撑项目(2006BAD01A15)

摘要: 对欧洲黑杨α-expansin基因 PnEXPA1 的SNP多态性与水分利用效率相关性状稳定碳同位素比率(δ13C)进行了关联分析。利用SNaPshot技术对 PnEXPA1 基因内11个SNP位点进行了基因型分型,发现各SNP位点优势基因型均为纯合,且其频率高于杂合基因型。关联分析显示:SNP8和SNP12在采用单因素方差分析(ANOVA)和一般线性模型(GLM)2种方法时均与δ13C值显著关联。SNP8为exon 1内的无义突变,可解释6.620%的表型变异;而SNP12位于intron 1中,遗传贡献率为6.613%;这2个SNP位点与SNP9、SNP13共同位于一个高连锁不平衡(LD)的单倍型块中。SNP8与SNP12的TT基因型无性系均具有较高的δ13C值,为优势基因型。

English Abstract

参考文献 (27)

目录

    /

    返回文章
    返回