苦楝SSR-PCR反应体系优化及引物筛选

王芳; 廖柏勇; 李培; 刘明骞; 李俊成; 吴琳瑛; 林玮; 陈晓阳

苦楝SSR-PCR反应体系优化及引物筛选

1.
华南农业大学林学与风景园林学院/广东省森林植物种质创新与利用重点实验室/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室, 广东广州 510642
2.
北京林业大学生物科学与技术学院, 北京 100083
基金项目:
广东省林业科技创新项目(2011KJCX002)
中图分类号: S792.33

Optimization of SSR-PCR Reaction System and Primer Screening of Melia azedarach

1.
College of Forestry and landscape Architecture, South China Agricultural University/Provincial Key Laboratory of Forest Plant Germplasm Innovation and Utilization/State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-bioresources, Guangzhou 510642, Guangdong, China
2.
College of Biological Sciences and Technology, Beijing Forestry University, Beijing 100083, China
CLC number: S792.33

摘要: [目的]借鉴以往楝属文献报道的SSR引物,筛选高度多态性、稳定性高、重复性好的苦楝SSR引物,为苦楝遗传图谱构建、QTL定位和分子标记辅助选择育种等研究领域应用奠定基础.[方法]本研究采用单因素法和正交试验设计进行SSR-PCR反应体系优化,并利用该体系以8个不同种源的苦楝基因组DNA为模板,从135对候选SSR引物中进行引物筛选.[结果]苦楝SSR-PCR最优反应体系为:1.0 μL 50 ng·μL-1模板DNA,1.2 μL 100 μmol·L-1引物,1.0 μL 10 mmol·L-1 dNTPs,0.8 μL 25 mmol·L-1 Mg2+,0.15 μL 5 U·μL-1 Taq酶,1.5 μL 10×Buffer,补ddH2O至15 μL;最终筛选出15对具有高度多态性、稳定性高、重复性好的SSR引物.[结论]本研究成功优化了苦楝SSR-PCR反应体系,并成功筛选出15对适用于苦楝的SSR引物.
- 苦楝
- / SSR-PCR
- / 体系优化
- / 引物筛选
Abstract: [Objective] Based on previous achievement on Melia SSR primer to select highly polymorphic, high stability and repeatability Melia azedarach primers, and to lay a foundation for constructing M. azedarach genetic map, QTL mapping and molecular marker-assisted selection and breeding. [Method]The SSR-PCR system was optimized through the single factor experiment and orthogonal test, and by using the genomic DNAs of M. azedarach from 8 provenances as templates, the SSR primers suitable for M. azedarach were screened from 135 pairs of primers. [Result]The optimal SSR-PCR system is as follows: 1.0 μL 50 ngoμL-1 genomic DNA, 1.2 μL 100 μmol·L-1 of each primer, 1.0 μL 10 mmol·L-1 dNTPs, 0.8 μL 25 mmol·L-1 Mg2+, 0.15 μL 5 U·μL-1 Taq polymerase, 1.5 μL 10×Buffer (Mg2+ free), and replenishing ddH2O to 15 μL. And, 15 pairs of SSR primers with high polymorphism, high stability, and good repeatability, were finally screened out. [Conclusion]The SSR-PCR system of M. azedarach was successfully optimized, and 15 pairs of SSR primers applicable to neem were selected.
- Melia azedarach
- / SSR-PCR
- / system optimization
- / primer screening

[1]	Peng H, David J M. 16. MELIA Linnaeus, Sp. Pl. 1: 384. 1753[J]. Flora of China. 2008(11): 130-131.
[2]	Evans P T, Rombold J S. Paraiso (Melia azedarach var. "Gigante") woodlots: an agroforestry alternative for the small farmer in Paraguay[J]. Agroforestry Systems, 1984, 2(3): 199-214.
[3]	Vila S, Scocchi A, Mroginski L. Plant regeneration from shoot apical meristems of Melia azedarach L. (Meliaceae)[J]. Acta Physiologiae Plantarum, 2002, 24(2): 195-199.
[4]	Vila S, Gonzalez A, Rey H, et al. Somatic embryogenesis and plant regeneration from immature zygotic embryos of Melia azedarach (Meliaceae)[J]. In Vitro Cellular & Developmental Biology-Plant, 2003, 39(3): 283-287.
[5]	Vila S K, Rey H Y, Mroginski L A. Influence of genotype and explant source on indirect organogenesis by in vitro culture of leaves of Melia azedarach L[J]. Biocell, 2004, 28(1): 35-41.
[6]	Vila S, Gonzalez A, Rey H, et al. Plant regeneration, origin, and development of shoot buds from root segments of Melia azedarach L. (Meliaceae) seedlings[J]. In Vitro Cellular & Developmental Biology-Plant,2005, 41(6): 746-751.
[7]	教忠意,唐凌凌,隋德宗,等. 苦楝的研究现状与展望[J]. 福建林业科技,2009,36(4):269-274.
[8]	张国栓,王少波,刘顺国. 河南省苦楝基因资源及其遗传改良策略研究[J]. 河南林业科技,2009,29(3):41-42.
[9]	程诗明,顾万春. 苦楝中国分布区的物候区划[J]. 林业科学, 2005, 41(3): 186-191.
[10]	程诗明,顾万春. 苦楝遗传资源学研究进展及其展望[J]. 浙江林业科技,2007,27(2): 64-69.
[11]	Chen L, Deng X, Ding M, et al. Geographic variation in traits of fruit stones and seeds of Melia azedarach[J]. Journal of Beijing Forestry University,2014, 36(1): 15-20.
[12]	廖柏勇,陈晓阳,陈丽君,等. 苦楝种源间种子发芽变异的观测[J]. 广东农业科学,2014(11): 43-47,52.
[13]	陈丽君,刘明骞,廖柏勇,等. 苦楝不同种源苗期生长性状和生长节律研究[J]. 西南林业大学学报, 2014,34(4): 1-7.
[14]	陈丽君,邓小梅,丁美美,等. 苦楝种源果核及种子性状地理变异的研究[J]. 北京林业大学学报,2014,36(1): 15-20.
[15]	夏海涛. 药用苦楝遗传多样性ISSR分析和遗传变异规律研究[D]. 2009.
[16]	陈羡德,陈礼光,陈珺,等. 不同来源苦楝种质资源遗传多样性的RAPD分析[J]. 漳州师范学院学报(自然科学版),2010(4):118-122.
[17]	程诗明. 苦楝聚合群体遗传多样性研究与核心种质构建[D]. 中国林业科学研究院, 2005.
[18]	黄映萍. DNA分子标记研究进展[Z]. 2010.
[19]	陈争,姜小凤,童再康. 光皮桦EST-SSR PCR反应体系的优化[J]. 浙江农林大学学报, 2012,29(6):960-965.
[20]	吕学辉,李根前. SSR分子标记及在林木基因组中的应用[J]. 山东林业科技, 2011(5):57-60.
[21]	Varshney R K, Graner A, Sorrells M E. Genic microsatellite markers in plants: features and applications[J]. Trends in Biotechnology, 2005, 23(1): 48-55.
[22]	Lemes M R, Esashika T, Gaoue O G. Microsatellites for mahoganies: Twelve new loci for Swietenia macrophylla and its high transferability to Khaya senegalensis[J]. American Journal of Botany, 2011, 98(8): e207-e209.
[23]	Dayanandan S, Dole J, Bawa K, et al. Population structure delineated with microsatellite markers in fragmented populations of a tropical tree, Carapa guianensis (Meliaceae)[J]. Mol Ecol,1999, 8(10): 1585-1592.
[24]	刘军,孙宗修,陈益泰,等. 珍稀濒危树种毛红椿微卫星DNA分离及SSR反应体系优化[J]. 中国生物工程杂志, 2006, 12(26): 50-55.
[25]	Cespedes M, Gutierrez M V, Holbrook N M, et al. Restoration of genetic diversity in the dry forest tree Swietenia macrophylla (Meliaceae) after pasture abandonment in Costa Rica[J]. Molecular Ecology, 2003, 12(12): 3201-3212.
[26]	Sexton G J, Frere C H, Dieters M J, et al. Development and characterization of microsatellite loci for Khaya senegalensis (Meliaceae)1[J]. American Journal of Botany, 2010, 97(11): e111-e113.
[27]	Pereira M F, Bandeira L F, Blanco A J V, et al. Isolation and characterization of microsatellite loci in Cabralea canjerana (Meliaceae)[J]. American Journal of Botany,2010, 98(1): e10-e12.
[28]	White G, Powell W. Isolation and characterization of microsatellite loci in Swietenia humilis (Meliaceae): an endangered tropical hardwood species[J]. Molecular Ecology,1997, 6(9): 851-860.
[29]	刘军. 毛红椿天然居群遗传结构研究[D]. 2007.
[30]	Boontong C, Pandey M, Changtragoon S. Isolation and characterization of microsatellite markers in Indian neem (Azadirachta indica var. indica A. Juss) and cross-amplification in Thai neem (A. indica var. siamensis Valenton)[J]. Conservation Genetics, 2009, 10(3): 669-671.
[31]	Hernández G, Buonamici A, Walker K, et al. Isolation and characterization of microsatellite markers for Cedrela odorata L. (Meliaceae), a high value neotropical tree[J]. Conservation Genetics,2008, 9(2): 457-459.
[32]	Karan M, Evans D S, Reilly D, et al. Rapid microsatellite marker development for African mahogany (Khaya senegalensis, Meliaceae) using next-generation sequencing and assessment of its intra-specific genetic diversity[J]. Molecular Ecology Resources, 2012, 12(2): 344-353.
[33]	White G, Powell W. Cross-species amplification of SSR loci in the Meliaceae family[J]. Molecular Ecology,1997, 6(12): 1195-1197.
[34]	Lemes M R, Brondani R P V, Grattapaglia D. Multiplexed Systems of Microsatellite Markers for Genetic Analysis of Mahogany, Swietenia macrophylla King(Meliaceae), a Threatened Neotropical Timber Species[J]. The Journal of Heredity,2002, 4(93):287-291.
[35]	Hanaoka S, Muturi G M, Watanabe A. Isolation and characterization of microsatellite markers in Melia volkensii Gurke[J]. Conservation Genet Resour. 2012(4): 395-398.
[36]	de Lima P F, Ramos F N, Zucchi M I, et al. Development and characterization of microsatellite markers from Guarea guidonia (Meliaceae), a tree species from different habitats within the Brazilian Atlantic forest[J]. Conservation Genetics Resources,2009, 1(1): 171-173.
[37]	张龙,丁西朋,严琳玲,等. 8种柱花草属牧草SSR-PCR反应体系优化及引物筛选[J]. 草业科学, 2014, 31(2): 232-242.
[38]	马洪峥,李珊珊,葛颂,等. 能源作物芒属双药芒组SSR引物的筛选及其评价[J]. 生物多样性, 2011,19(5):535-542.
[39]	李光友,徐建民,吴世军,等. 尾叶桉杂种子代DNA提取和SSR引物筛选[J]. 中南林业科技大学学报,2012,32(2):81-85.

[1]	湛欣 , 鲁好君 , 赵帅 , 陈晓阳 , 邓小梅 . 红椿SSR-PCR体系建立和多态性引物筛选. 林业科学研究, 2016, 29(4): 565-570.
[2]	朱芹 , 李培 , 周鹏 , 张俊杰 , 阙青敏 , 惠文凯 , 陈晓阳 . 刨花润楠SSR-PCR体系优化及天然种群遗传多样性研究. 林业科学研究, 2019, 32(4): 70-78. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2019.04.010
[3]	李培 , 阙青敏 , 王芳 , 李俊成 , 朱芹 , 廖柏勇 , 陈晓阳 . 红椿SRAP反应体系优化及引物筛选. 林业科学研究, 2017, 30(1): 10-17. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2017.01.002
[4]	. 油茶SRAP-PCR反应体系的优化. 林业科学研究, 2010, 23(2): 302-307.
[5]	黄海燕 , 杜红岩 , 乌云塔娜 , 朱高浦 . 基于SSR分子标记的杜仲遗传多样性体系建立. 林业科学研究, 2013, 26(6): 795-799.
[6]	程诗明 , 顾万春 . 苦楝表型区划的研究. 林业科学研究, 2006, 19(3): 337-341.
[7]	廖柏勇 , 陈丽君 , 王芳 , 何霞 , 刘明骞 , 陈涵斌 , 任颖 , 陈晓阳 . 苦楝种源果核和种子性状地理变异的趋势面分析. 林业科学研究, 2016, 29(5): 784-792.
[8]	田胜平 , 汪阳东 , 陈益存 , 占志勇 , 斯林林 . 山苍子AFLP反应体系的建立及其引物筛选. 林业科学研究, 2012, 25(2): 174-181.
[9]	贾波 , 徐海滨 , 徐阳 , 龙晓飞 , 陈金慧 , 施季森 . 鹅掌楸Genomic-SSR反应体系优化. 林业科学研究, 2013, 26(4): 506-510.
[10]	缪迎春 , 苏建荣 , 张志钧 . 云南红豆杉简并锚定微卫星-PCR反应体系优化研究. 林业科学研究, 2007, 20(6): 739-743.
[11]	姜荣波 , 姜景民 , 刘军 , 陈益泰 , 栾启福 , 岳华峰 . 红楠ISSR-PCR反应体系的建立和优化. 林业科学研究, 2011, 24(2): 194-199.
[12]	张恺恺 , 吕星 , 杨立莹 , 陈段芬 , 邱德有 , 杨艳芳 . 红豆杉TbAP2基因荧光定量PCR体系的建立及优化. 林业科学研究, 2019, 32(1): 39-46. doi: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2019.01.006
[13]	彭镇华 , 刘贯水 , 李潞滨 . 磁珠富集法开发毛竹SSR标记引物. 林业科学研究, 2011, 24(6): 743-748.
[14]	廖声熙 , 崔凯 , 张鹏 , 王海英 , 崔永忠 , 袁首乾 . 构树ISSR反应体系的优化与建立. 林业科学研究, 2013, 26(1): 76-80.
[15]	李文娟 , 马宏 , 李正红 , 万友名 , 刘秀贤 , 周翠丽 . 基于芭蕉属EST序列的地涌金莲SSR引物开发. 林业科学研究, 2012, 25(2): 111-116.
[16]	孟现东 , 陈益泰 . 枫香DNA提取方法与PCR扩增程序的优化. 林业科学研究, 2004, 17(1): 42-46.
[17]	杨志玲 , 冯刚利 , 谭梓峰 , 栾启福 , 王承南 . 红花石蒜ISSR-PCR反应体系的建立. 林业科学研究, 2006, 19(4): 509-512.
[18]	李鹏 , 汪阳东 , 陈益存 , 张小平 . 油桐ISSR-PCR最佳反应体系的建立. 林业科学研究, 2008, 21(2): 194-199.
[19]	吴涛 , 李万峰 , 张俊红 , 韩素英 , 杨文华 , 齐力旺 . 落叶松实时定量PCR内参基因的筛选. 林业科学研究, 2013, 26(S1): 1-8.
[20]	张蕾 , 苏晓华 , 张冰玉 , 黄秦军 , 张香华 , 李义良 . 京2杨组培条件的优化及再生体系建立. 林业科学研究, 2007, 20(6): 787-793.

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